我們通過(guò)基于表面對(duì)接計(jì)算來(lái)預(yù)測(cè)核酸適配體與目標(biāo)分子（如蛋白質(zhì)）之間的空間構(gòu)象和結(jié)合模式。

• 通過(guò)模擬核酸適配體的結(jié)構(gòu)變化，確保其能夠穩(wěn)定結(jié)合于目標(biāo)分子表面。
• 使用分子動(dòng)力學(xué)模擬和約束優(yōu)化，增強(qiáng)對(duì)接精度。
• 這一過(guò)程避免了傳統(tǒng) SELEX 的隨機(jī)篩選，使適配體設(shè)計(jì)更加精準(zhǔn)。

我們通過(guò)能量函數(shù)計(jì)算適配體-靶標(biāo)的結(jié)合情況，用于預(yù)測(cè)和評(píng)估分子間的相互作用強(qiáng)度。

• 綜合考慮多種能量貢獻(xiàn)：如靜電作用、范德華力、氫鍵、疏水效應(yīng)等。
• 優(yōu)化能量最小化過(guò)程，確保篩選出的適配體具有最高結(jié)合穩(wěn)定性。
• 結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)模型，實(shí)現(xiàn)能量函數(shù)的智能優(yōu)化。

全球范圍內(nèi)核酸數(shù)據(jù)（特別是非遺傳領(lǐng)域的數(shù)據(jù)）較為有限，因此我們采用了獨(dú)特的建模策略：

• 物理建模方法：基于已知核酸結(jié)構(gòu)和化學(xué)性質(zhì)，構(gòu)建分子模擬模型。
• 數(shù)據(jù)分層處理：將建模過(guò)程拆解為多個(gè)階段，每個(gè)階段逐步優(yōu)化適配體結(jié)構(gòu)。
• 高通量計(jì)算：結(jié)合模擬預(yù)測(cè)，提高適配體篩選效率。